Toda la antropología cartesiana descansa sobre la distinción entre el cuerpo y el alma, dos substancias completas e independientes entre sí. La esencia de la substancia “cuerpo” es la extensión, mientras que la de la substancia “alma” es el pensamiento. El alma es una realidad auto-consciente, más conocida, más evidente y más cierta que el cuerpo. Posee ideas innatas y es inmortal. El cuerpo se explica totalmente por las leyes del movimiento, dado que es un mecanismo físico. El alma, espíritu puro, es en cuanto a realidad pasiva, entendimiento, y en cuanto a realidad activa, voluntad.
Una antropología tan radicalmente dualista plantea el problema de explicar la interacción entre ambas, problema que el racionalismo post-cartesiano va a denominar el de la “comunicación de las sustancias” (“res cogitans” el alma y “res extensa” el cuerpo). Si el cuerpo subsiste como autómata y el alma como espíritu pensante, ¿Cómo se establece su unidad?
Descartes acaba por presentar la unidad del hombre como un hecho irracional al hacer de la “glándula pineal” (la epífisis), situada entre los dos hemisferios del cerebro, la sede del alma. Desde allí dirigiría los movimientos corporales, originando una doble circulación hacia el alma y hacia y el cuerpo de los impulsos de la voluntad, los humores, y los “espíritus animales” que se originan en el organismo (haciendo aquí gala el pensador de unas concepciones fisiológicas aún ancladas en una medicina nada “moderna”).
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